Молекулярная генеалогия Сообщество Форум МолГен-Wiki Журнал RJGG Предиктор Y-гаплогрупп

MolGen
??????? ???? ?????????:
  • Deutsch"
  • English"
  • polski"
  • Русский"

17.11.2014 Anonymous   

SNP

Single nucleotide polymorphism, SNP — отличия последовательности ДНК размером в один нуклеотид (A, T, G или C) в геноме (или в другой сравниваемой последовательности) представителей одного вида или между гомологичными участками гомологичных хромосома индивида.

Две последовательности ДНК — AAGCCTA и AAGCTTA — отличаются на один нуклеотид. В таком случае, говорят о существовании двух аллелей: C и T. SNP возникают в результате точечных мутаций.

SNP используются в качестве молекулярно-генетических локусов (наряду с ПДРФ (RFLP) и ПДАФ (AFLP)). Изучение SNP широко используется в генной систематике — построении биологической систематики на основе дивергенции (расхождения) гомологичных участков ДНК в филогенезе. В данной области наиболее часто используются спейсеры генов рибосомальной РНК. Ввиду того, что мутации в данных спейсерах не сказываются на структуре конечных продуктов гена (теоретически они не влияют на жизнеспособность), в первом приближении постулируется прямая зависимость между степенью полиморфизма и филогенетическим расстоянием между организмами.

Кодирование SNP

Буква в названии SNP - индикатор исследователей.

L = Thomas Krahn, MSC (Dipl. Ing.) of Family Tree DNA's Genomics Research Center; snps named in honor of the late Leo Little

M = Peter Underhill, Ph.D. of Stanford University

N = The Laboratory of Bioinformatics, Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences, Beijing

P = Michael Hammer, Ph.D. of University of Arizona

PK = Biomedical and Genetic Engineering Laboratories, Islamabad, Pakistan

S = James F. Wilson, D.Phil. at Edinburgh University

U = Lynn M. Sims, University of Central Florida; Dennis Garvey, Ph.D. Gonzaga University; and Jack Ballantyne, Ph.D., University of Central Florida

V = Rosaria Scozzari and Fulvio Cruciani, Universitа «La Sapienza», Rome, Italy

Источник: 563.msg10593 от Centurion

SNP в y-субкладах

SNPСубкладРодительВозраст
М458+, L260+R1a1a1g*R1a1a1g3600
L452, L490, L446, L810, L447, L811гаплогруппа T (Investigation)LT
M11, M20, M22, M61/Page43, M185гаплогруппа LLT
M184;Page34;USP9Y+3178, Page129, L206, M193, M272гаплогруппа TLT
Page121, Page113, Page116, Page6гаплогруппа L (Investigation)LT
DYS271/M2/SY81, M291, P1/PN1, P189, P293, V43, V95E1b1a1E1b1a
Z1+R1b1a2a1a1a5b2b1a1bR1b1a2a1a1a5b2b1a1b
L86.1+, M180+/P88+, P182+, Page66+, Z111+, Z1132+E1b1a1a1E1b1a1a
 

SNP в y-проектах

SNPПроектГруппаКодАвторФорум
L275, L314, L606, L612, {L58.X}, F108, F1082, F1126, F1169, F1205 (dubious), F1337, F1528, F1537, F1858, F1875, F1974, F2023, F2145, F2250 (dubious), F2313, F2343, F2440, F2628, F2657, F2777, F2851, F2894, F2934, F3084, F3121, F3193, F3207, F3389, F3621, F3680, F803, F815Q-L275Q1bQ1bШад2546
М458+, L260+Западные АнтыR1aAwОвод1238
L275+, L314+Q1bQ1bШад2546
L448+ВикингиR1aVОвод1639
M231Филогенетическое дерево гаплогруппы NNNMouglley284
M253Гаплогруппа I1II1Аббат Бузони1290
M198-, M417-Реликтовая R1R1aRОвод1614
M458+, L260-AntesR1aAОвод1232
M458+, L260-АнтыR1aAОвод1232
Z92+ВенедыR1aVeОвод1280
Z92+Нёвры R1aR1aNeОвод2478
 

SNP в гаплотипах

СубкладВедущие SNPГаплотипИмяПроисхождениеРазмер
BM181+177410CaveyUnknown67
E1aM33+pfn3fPhelpsUnknown67
E1b1aP278-asdvyMartinUnknown67
E1b1a8aP1+, P278+5za55IveyUnknown67
G2L269+, L520+, L521+, L522+, L523+n8635JimenezUnknown67
O1a1P203+jgceyFanViet Nam67
O2P49-n70832WandasanPhilippines67
O2bP49+7w3dtHamadaJapan67
O3M175+9wg2qDunbarUnknown67
O3M175+s6bucSeIbKazakhstan67
O3IMS-JST002611+tqyrgSHIMUnknown67
O3a3cM117-64ef4GrigorievMongolia67
O3a3c1M117+27280HalimChina67
O3a3c1M117+czg2zLeeChina67